iTRAQ试剂在结构上包括3个化学基团,分别是报告基团、平衡基团和反应基团。反应基团特异与肽段的氨基发生共价结合反应,将iTRAQ试剂连接到肽段上。在一级图谱中,不同样品的来源于同一个蛋白质的同一个肽段由于被连接上总质量相同的完整iTRAQ试剂而表现为一个峰。但在碰撞室内,平衡基团会发生中性丢失,而报告基团则会产生相应的报告离子(四标为114、115、116和117 Da,八标为113、114、115、116、117、118、119和121 Da)。这些报告离子的强度就代表了相应样品蛋白质/肽段的强度,实现了对4个/8个不同样品的同时定量。
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