转录组是特定物种、组织或细胞类型转录的所有 RNA(转录本)的集合,包括 mRNA 和非编码 RNA
(Non-coding RNA)。基于高通量测序可全面快速地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的所有转录本
的集合,用于研究基因结构和基因功能、可变剪切和新转录本预测等,另外对于检测低丰度转录本和发现新转录
本,也具有其独特的优势。转录组研究已成为揭示生物生长发育调控和逆境胁迫适应机制、生物进化规律、疾病
发生发展重要作用机制以及发现致病基因调控关键靶点等方面的最佳研究手段。
有参转录组是针对已有参考基因组的物种进行 mRNA 研究的技术,参考基因组可以是数据库收录的或自有
组装基因组信息,分析策略为首先通过比对参考基因组获得基因表达定量信息,从而进一步分析其差异和功能变
化。由于不同参考基因组组装效果不同,因此建议尽量选择更完整、更符合样本亲缘关系且基因注释较全面的版
本,以便后续进行深入研究有更好的参考意义。如没有合适参考基因组的物种,建议考虑无参转录组的分析策略
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