微生物多样性测序,又名扩增子测序,是对特定长度的PCR产物或者捕获的片段进行测序,主要包括16S rDNA测序、18S rDNA测序、ITS测序及目标区域扩增子测序等。采用第二代高通量测序平台测定的16S/18S /ITS某个高变区域的序列,来反应环境样品在细菌、真菌、古菌分类方面物种之间的差异,对研究海洋、土壤、肠道粪便等环境中的微生物构成有重要的指导作用。
16S rDNA测序:16S rDNA为编码原核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列,主要进行细菌或古菌的多样性分析。细菌核糖体RNA(rRNA)有三种类型:5S rRNA(120bp)、16S rRNA(约1540bp)和23S rRNA(约2900bp)。5S rRNA基因序列较短,包含的遗传信息较少,不适于细菌种类的分析鉴定;23S rRNA基因的序列太长,且其碱基的突变率较高,不适于鉴定亲缘关系较远的细菌种类;16S rRNA普遍存在于原核细胞中,且含量较高、拷贝数较多(占细菌RNA总量的80%以上),便于获取模板,功能同源性高,遗传信息量适中,适于作为细菌多样性分析的标准。16S rRNA编码基因序列共有9个保守区和9个高可变区。其中,V4-V5区其特异性好,数据库信息全,是细菌多样性分析注释的选择。
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