由于转录和翻译的速率不同,mRNA和蛋白质的半衰期也不同,所以mRNA和蛋白质的丰度并非总是线性相关性的,所以会出现两者一致性不高的情况,这种情况比较常见,后期可以通过其他实验方式进行关键基因表达产物的验证或结合基因组层面的突变信息,寻找与表型相关的完整代谢调控通路[1-2]。
如果蛋白组和转录组(这里指mRNA)来自于同一套参考基因组或者蛋白序列由转录本翻译得来,根据注释或者id对应关系将蛋白与对应mRNA进行关联,如果无法直接关联,则根据基因名(蛋白名)或者blast序列同源比对进行关联。
在基因和蛋白对应关联的基础上,进行之后的表达相关性分析,以及共上调共下调分析。
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