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1) 细胞质检 RNA,用 Countess®II Automated Cell Counter 对细胞计数,将细胞浓度调整到理想浓度 1×10 6/mL。
2)10x 标记 cDNA 片段,含有 barcode 信息的凝胶珠子首先与细胞和酶的混合物结合,然后被位于 微流体"双十字"连接中的油表面活性剂液滴包裹。液滴非常小,仅能容纳一个凝胶珠子,液滴流 到储液器中被收集后,凝胶珠子溶解释放引物序列,逆转录 cDNA 片段,并以 cDNA 为模板进 行 PCR 扩增。将每个液滴中含有 barcode 信息的产物混合,构建测序文库。
3) 建库,首先利用 Biorupter 超声破碎仪将 cDNA 打断成 200~300bp 左右的片段,加上测序接头 P5和测序引物 R1 等传统二代测序的建库过程,最后进行 PCR 扩增得到 DNA 文库。
4) 簇生成和测序,利用 Qubit 仪器对文库进行定量,合格的文库被放置到 cBot 中进行桥式扩增, 生成簇后利用Novoseq进行测序。原理是每个循环都加入 A,T,G,C 4 种荧光 基团标记的 dNTP,依据 AT、GC 配对,对应的 dNTP 通过 DNA 聚合酶结合到模板 DNA 链 上,其他未结合的 dNTP 被洗脱掉,结合的位置释放出荧光信号,被计算机捕捉到并进行相应转 换,从而得到该位置的碱基信息。
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