生物信息分析具体实施过程如下:
(1) 数据质控:测序数据的质量是信息分析结果可靠性的重要前提,对于下机数
据需要进行严格的质控过程来获取高质量的测序数据。
(2) 参考基因组比对:从各样品质控后的 Clean Data 出发,将 Clean Data 比对
到参考基因组并进行比对结果的统计。
(3) Cell/UMI 计数:计数不同的 UMI,从而计算出每个细胞中 mRNA 的数量得
到基因表达矩阵。
(4) 细胞过滤:进一步过滤低质量细胞,提高下游分析的质量。
(5) 数据集成并归一化:将来自不同样品的数据通过计算手段减弱因批次带来的
技术误差,并对数据进行归一化方便进行后续分析。
(6) 细胞亚群分析:基于基因表达结果进行细胞的聚类分析,获得不同的细胞亚
群,针对不同的亚群可以进行进一步的差异分析。
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(7) 差异基因分析:基于基因表达定量结果进行样本或分组间差异基因的分析,
获得样本或分组间的差异表达基因,这是下游分析和数据挖掘的重点。
(8) 功能富集:基于样本或分组间差异基因,通过功能注释数据库,如 GO 、
KEGG 和 STRING 等获取显著富集的功能信息和蛋白互作信息。
(9) 伪时序分析:基于基因表达数据构建伪时间细胞轨迹,可以推断出发育过程
细胞的分化轨迹或细胞压型的演化过程,在发育相关研究中使用频率较高。
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