蛋白质组学非标记定量技术(Label-free)是近年来重要的质谱定性定量方法,将提取的蛋白酶解之后,利用液质联用技术对肽段进行质谱分析,通过比较不同样品中相应肽段的信号强度,从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。
实验原理
每条肽段的丰度(量)与其在MS1中的峰面积或信号强度成正比;而不同样品的同一条肽段在LC上的保留时间(retention time, RT)是一致的,因此,可以通过对比MS图谱,再整合到相应蛋白,实现对蛋白质在不同样本中的相对表达水平的定量分析。
Label-free技术的特点:
1. 对液相色谱串联质谱的稳定性和重复性要求较高;
2. 无需使用昂贵的同位素标签,实验耗费低;
3. 前处理操作过程较少,使样本最接近原始状态,同时不受样品条件限制;
4. 不受样品个数的限制,可用于大规模样本数量检测。
应用领域
标志物的筛选, 作用机制研究,药物作用靶点研究,疾病的分子分型等等。
提取样品中总蛋白,取出一部分做蛋白浓度测定及SDS-PAGE检测,另取部分进行胰蛋白酶酶解,对酶解肽段除盐之后,对样品进行LC-MS/MS分析及数据分析。
Label-free定量蛋白质组学生物信息分析基本流程为:筛选可信蛋白及差异蛋白,然后对差异蛋白进行功能分析,包括GO分析、Pathway分析、蛋白互作三部分内容,同时针对多比较组数据,还包括表达模式聚类热图以及venn分组筛选等分析。此外,研究者可以根据统计学显著性、研究相关性或者感兴趣部分,选择重点蛋白及其功能或者通路,进行后续重点研究及验证方向。
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