1 功能指标要求

1.1 数据要求

1.1.1 支持的已知E3-底物相互作用数据不少于1000对

1.1.2 支持的已知DUB-底物相互作用数据不少于200对

1.1.3 支持的预测E3-底物相互作用数据不少于1000万对

1.1.4 支持的预测DUB-底物相互作用数据不少于30万对

1.1.5 支持的包含与8种泛素链型对应关系的底物蛋白不少于1000种

1.1.6 支持的包含与8种泛素链型对应关系的E3不少于200种

1.1.7 支持的具有泛素链型和细胞效应注释的人类ESI不少于1000对

1.2 通过“蛋白质名称”进行相互作用和有关泛素链型信息的搜索

1.2.1 用户在客户端的浏览器中输入“蛋白质名称”，点击”UbChain Explore“按钮进行搜索操作。在包含蛋白质名称、同义词、描述和物种的数据库中进行检索

1.2.2 在数据库中查找相应的检索结果。对检索结果进行进一步的整理和优化（按匹配程度，或者字母顺序重新排序），以便更好地呈现给用户

1.2.3 通过浏览器进行前端呈现。将检索结果以清晰的表格形式展示给用户，方便用户查看蛋白质名称、同义词描述和所属物种等信息

1.2.4 用户可以点击表格中蛋白名称前的选择框，点击“Continue”按钮获取含有泛素链型的搜索结果页面

1.3 通过“蛋白质的数据库ID”进行相互作用和有关泛素链型信息的搜索

1.3.1 用户在客户端的浏览器中输入“蛋白质的数据库ID”，点击”UbChain Explore“按钮进行搜索操作。在数据库中查找相应的检索结果

1.3.2 通过浏览器进行前端呈现。将检索结果以清晰的表格形式展示给用户，方便用户查看蛋白质名称、同义词描述和所属物种等信息

1.3.3 用户可以点击表格中蛋白名称前的选择框，点击“Continue”按钮获取含有泛素链型的搜索结果页面

1.4 通过“蛋白质序列”进行相互作用和有关泛素链型信息的搜索

1.4.1 用户在客户端的浏览器中输入“蛋白质序列”，点击”UbChain Explore“按钮进行搜索操作。启动 BLAST（基本局部比对搜索工具）程序，自动获取客户端提交的“蛋白质序列”，在数据库中进行比对检索，对检索结果进行整理和分析，提取出相关的蛋白质信息，如蛋白质名称、功能描述、物种等

1.4.2 对检索结果进行进一步的整理和优化（按匹配程度，或者字母顺序重新排序），以便更好地呈现给用户

1.4.3 通过浏览器进行前端呈现。将检索结果以清晰的表格形式展示给用户，方便用户查看蛋白质名称、同义词描述和所属物种等信息

1.4.4 用户可以点击表格中蛋白名称前的选择框，点击“Continue”按钮获取含有泛素链型的搜索结果页面

1.5 泛素链型的搜索结果页面的网络检索结果视图

1.5.1 提供已知的“泛素连接酶-底物蛋白-泛素链型-细胞效应”知识图谱。视图以用户的查询底物蛋白/E3为中心，第一层节点表示效应数量，第二层节点表示关联的泛素链型，第三层代表相关的E3/泛素化底物

1.5.2 泛素连接酶：在以用户查询底物蛋白为中心的视图中，泛素连接酶是知识图谱的最外层，使用具有E3家族标识和蛋白名称的红色圆圈节点进行标示，红色箭头指向内层的泛素链型；在以用户查询E3为中心的视图中，泛素连接酶是知识图谱的中心，使用E3家族标识和蛋白名称的五角星进行标示，红色箭头指向外层的泛素链型

1.5.3 底物蛋白：在以用户查询底物蛋白为中心的视图中，底物蛋白是知识图谱的中心，使用蛋白名称的五角星进行标示，蓝色箭头由外层的泛素链型指向底物蛋白；在以用户查询E3为中心的视图中，底物蛋白是知识图谱的最外层，使用具有ES标识和蛋白名称的红色圆圈节点进行标示，蓝色箭头由内层的泛素链型指向底物蛋白

1.5.4 细胞效应的数量：在以泛素链型为主题的知识图谱中，作为视图的第二圈层，以使用具有“number=”的深蓝色方框节点进行标示，位于由泛素链型的出发的蓝色箭头旁边

1.5.5 泛素链型：在以泛素链型为主题的知识图谱中，泛素链型作为视图的第二圈层，以使用具有泛素链型名称的蓝色方框节点进行标示，由泛素链型的出发的蓝色箭头指向底物蛋白，由E3出发的红色箭头指向泛素链型

1.5.6 导航栏：知识图谱左侧设置导航栏，用户可以通过多选导航的按钮，展示特定链型知识图谱的子图。支持动态交互操作，用户选择部分泛素链型，页面实时地展现子图

1.5.7 节点的链接：在以用户查询底物蛋白为中心的视图中，点击E3节点，跳转至ESI的详细信息页面；在以用户查询E3为中心的视图中，点击底物蛋白，跳转至ESI的详细信息页面

1.5.8 箭头图标的链接：在以用户查询底物蛋白为中心的视图中，点击知识图谱下方的箭头，跳转至查询底物蛋白所有的已知E3和预测E3的页面；在以用户查询E3为中心的视图中，点击知识图谱下方的箭头，跳转至查询E3所有的已知底物和预测底物的页面

1.6 泛素链型的搜索结果页面的详细信息表格视图

1.6.1 提供详细列表，记录知识图谱各个节点代表的信息、细胞背景、底物蛋白的结果和引发的细胞效应，以及相应的文献中的支持句子，列表提供冻结首行的功能，方便用户查看信息

1.6.2 “Chain-specific E3 ligase”列：在以用户查询底物蛋白为中心的视图中，提供E3的蛋白名称，支持点击蛋白名称跳转至该ESI的详细信息页面。设置链接颜色变化，开始为蓝色，点击之后变为紫色

1.6.3 “Substrate”列：在以用户查询E3为中心的视图中，提供泛素化底物的蛋白名称，支持点击蛋白名称跳转至该ESI的详细信息页面。设置链接颜色变化，开始为蓝色，点击之后变为紫色

1.6.4 “Cellular context”列：提供疾病、组织和细胞系等生物学背景名称

1.6.5 “Cellular effect”列：提供泛素化事件引发的生物学结果名称

1.6.6 “Supporting sentence in literature”列：提供文献中的支持句子和文献的PMID，点击PMID可以跳转至相应的文章。设置链接颜色变化，开始为蓝色，点击之后变为紫色

1.7 ESI的详细信息页面

1.7.1 表格式关联信息展示：以结构化表格形式展示“泛素连接酶-底物蛋白-泛素链型-细胞效应”的具体关联信息，并在表格下方提供跳转至知识图谱页面的按钮（如果查询底物蛋白或查询E3具有泛素链链型信息），确保信息的系统化管理与便捷查看，如果该ESI不具有泛素链型信息，则详细信息页面保持原状

1.7.2 支持性文献展示：详细展示所有已知关联的支持性文献信息，包括E3与底物的介绍、来源数据库及ID、泛素链型、细胞效应，并附上支持句，增强数据的可信度和学术参考价值

1.8 浏览功能

1.8.1 设置“UbChain Explorer”的主题页，提供链型的基本信息、数据库收录的数据统计和链接至Browse、Search页面的4个分析功能

1.8.2 具有泛素链型信息的E3属性层次浏览：通过分类树展示8种泛素链类型下E3家族分类等属性的层次结构，用户可浏览与特定属性相关的蛋白质相互作用信息、细胞效应和文献支持等信息，增强信息的可探索性。具体而言，在原有的E3家族分类的上一级增加泛素链类型分类体系

1.8.3 具有泛素链型信息的底物蛋白属性层次浏览：通过分类树展示按照8种泛素链类型分类的具有泛素链型信息的底物蛋白，用户可浏览与特定属性相关的蛋白质相互作用信息、细胞效应和文献支持等信息

1.8.4 详细报告面板：展示已知关联条目的详细信息，包含E3、底物蛋白、泛素链型、细胞效应支持文献、数据库ID及内部链接至详细信息页面

1.9 批量下载功能

1.9.1 用户可通过“下载”页面批量下载所有已知的“泛素连接酶/去泛素化酶-底物蛋白-泛素链型-细胞效应”关联信息及其支持证据，提供多种数据格式以供选择，支持大规模数据分析及跨平台应用

2 安全要求

2.1 数据安全：保护用户输入的数据不被未授权访问或泄露

2.2 用户隐私：保障用户隐私，防止用户个人信息泄露

3 其他要求

3.1 软件系统基于容器化技术Docker

3.2 网站系统构架基于 Linux 系统，系统架构需兼容 HTML, CSS, JavaScript,React/Vue.js, RESTful API 等前后端框架，同时数据库应支持 MongoDB数据库

3.3 分析工具应当支持 cwl 流程文件格式，并且采用 Docker 的工具封装方式，以便于流程的迁移与部署，提升系统的灵活性和可维护性

3.4 针对平台研发功能，每个功能点提供不少于个5个应用案例，并提供详细的案例分析报告及培训方案