标准分析(真核转录组测序,有参考序列)
1) 对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量reads的处理;
2) 测序评估:测序质量分布、碱基分布、比对统计、均一性分析,比对上序列在基因区域的分布、比对结果可视化;
3) 基因表达注释:基因表达量估计、表达量分布统计、数据饱和度分析、样品聚类;
4) 基因差异表达分析及功能注释(需确定比较组合);
5) 差异基因表达模式聚类分析;
6) 差异表达基因GO功能显著性富集分析:GO子类统计、GO富集分析、富集GO q值分布、GO富集DAG图;
7) 差异表达基因Pathway显著性富集分析:KEGG富集分析、富集KEGG q值分布、通路结果注释;
8) 基因的可变剪接分析:可变剪接鉴定、统计、表达量分析;
9) 新转录本预测及基因信息注释;
10) SNP分析、InDel分析;
11) 蛋白质互作网络分析(需要蛋白互作数据库PPI中包含该物种的注释信息,如果PPI数据库中没有该物种的注释信息,则选用近缘物种的注释信息来进行该项分析)。
12)转录因子分析:转录因子预测及所属转录因子家族分析。
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