分析类别

分析内容

备注

原始数据预处理和数据过滤

cutadapt去除接头

过滤短片段、低质量序列

fastqc进行数据质控

统计全部样本的数据质量

参考基因组比对/定量

比对参考基因组reads统计

比对参考基因组区域分布及可视化饼图

基因/转录本count矩阵

基因/转录本定量(FPKM)

各样本基因表达量分布箱线图

各样本基因表达量分布小提琴图

样本不同基因表达量区间分布统计

样本基因转录本覆盖深度统计

基因表达量分布密度图

样本相关性分析

基因表达Pearson相关系数图

基因/转录本主成分分析（prcomp）图

基因/转录本主成分分析（princomp）图

基因/转录本差异表达分析

基因/转录本差异表达分析

差异基因数目统计及可视化柱状图

top100差异基因/转录本热图

全部差异基因/转录本热图

基因/转录本火山图

差异基因富集分析

差异表达基因GO/KEGG富集分析

GO富集分类柱状图

GO富集上下调柱状图

GO/KEGG富集条形图

GO/KEGG富集上下调基因甜甜圈图

GO/KEGG富集圈图

GO/KEGG富集气泡图

GO/KEGG富集分析基因信息整理

KEGG通路标色

GO/KEGG富集分析多组气泡图

差异基因富集分析(部分物种)

差异表达基因DO/Reactome富集分析

DO/Reactome富集分析基因信息整理

DO/Reactome富集柱状图

DO/Reactome富集气泡图

GSEA富集分析

基于GO/KEGG/DO/Reactome数据库整理基因集进行GSEA分析

GSEA分析ES折线图可视化

GSEA分析富集结果条形图

可变剪切分析

rMATS进行两组间差异可变剪切分析

差异可变剪切基因富集分析（参考差异基因富集分析）

剪切事件统计表及可视化

可变剪切事件鱼骨图

蛋白互作网络分析

差异基因进行PPI分析(部分物种）

差异基因蛋白互作关系表

差异基因蛋白互作网络图

转录因子注释

基于animalTFDB/PlantTFDB进行物种转录因子注释

转录因子热图

差异转录因子家族统计柱状图

SNP和INDEL分析

各样本SNP、INDEL分析

SNP、INDEL数目统计及可视化

SNP、INDEL位置类型统计及可视化

SNP变异类型统计及可视化

转录本序列提取

提供参考基因组测到基因的转录本序列信息

提供参考基因组测到基因的注释信息

个性化重分析

提供沧海云分析工具进行参数调整重分析