浅宏基因组
浅宏基因组测序方案是针对16s分辨率和宏基因组高成本之间的一个折中方案,通过降低测序深度,每个样本50万reads,但是物种的分辨率并没有较高深度宏基因组(普遍5~10G数据量)有下降。不通过拼接组装,直接基于kraken2等kmer或MetaPhlAn2等标记基因的参考基因组方法进行种属丰度分类。结合其到菌株的物种分类和丰度数据可较16S方案下的PICRUST更加准确的预测基因构成。
对于想要获得更全和更精细分类精度同时不需要获得完整基因组序列和重建菌群基因的情况下,浅宏基因组成为很好的选择,其成本低,分析简便快速,同样能获得宏基因组的基本丰度数据,而且价格仅比16s贵一点。不过浅宏基因组也有其适用范围,根据样品类型的不同,一些样品可能包含> 99%的人类宿主DNA,这不仅增加了序列成本,而且给测量带来了不确定性。在许多研究中也会采取在进行宏基因组测序文库的准备之前去除宿主DNA的方法。但是,在去除宿主DNA后,可能没有足够的微生物基因组DNA用于宏基因组测序,这通常需要最少1ng的输入。因此不太适合高宿主样本如口腔唾液、肺泡灌洗液、血液等;但是较适合于低宿主DNA含量的样本,如人类粪便、水体、土壤等。
分析内容:
关于16s,浅宏基因组,宏基因组的比较:
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