1、数据质控:reads 拼接、tags 过滤、去嵌合体
2、ASVs 聚类
3、物种注释:基于 ASV 的 Venn 图和花瓣图、物种相对丰度展示、物种丰度聚类
热图(heatmap 图)、三元相图(Ternaryplot)、属水平物种进化树
4、 α多样性分析: α多样性指数、物种多样性曲线、物种累计箱形图
5、 β多样性分析:距离矩阵热图、PCoA(二维及三维)、PCA、NMDS
6、统计检验:Alpha 多样性指数组间差异分析、Beta 多样性指数组间差异分析、
组间群落结构差异显著性检验(Anosim、MRPP、Adonis、)、组间差异物种分
析(T-test、Metastat、LEfSe)
7、关联分析与模型预测:环境因子关联分析(Spearman 相关性分析、Mantel test
分析、CCA/RDA/dbRDA 分析、VPA 分析) 、、Network 分析(静态、动态) 、
随机森林分析
8、功能预测:PICRUSt、PICRUSt2、Tax4fun、FAPROTAX、FunGuild、Bugbase(六
选一)